Для розгляду найважливіших питань діяльності Університету утворюється колегіальний орган управління – Вчена рада Університету (далі – Вчена рада).
Вчену раду очолює її голова, який обирається на термін повноважень Вченої ради, таємним голосуванням із числа членів Вченої ради, які мають науковий ступінь та/або вчене (почесне) звання.
На першому засіданні Вченої ради головує ректор до обрання на ньому голови цієї ради.
До складу Вченої ради за посадами входять: ректор, проректори, декани факультетів, директори навчально-наукових інститутів, директор Інституту післядипломної освіти, начальник Військового інституту, начальник Інституту Управління державної охорони, директори обсерваторій, Українського фізико-математичного ліцею, Оптико-механічного фахового коледжу та Фахового коледжу геологорозвідувальних технологій, учені секретарі Вченої ради Університету та науково-дослідної частини, керівник відділу забезпечення якості освіти, директор бібліотеки, головний бухгалтер, голова первинної профспілкової організації, його заступники (не більше двох), начальник юридичного відділу, голова студентського парламенту Університету, голова Ради молодих вчених Університету.
До складу Вченої ради входять також виборні представники за такими квотами:
- які представляють наукових, науково-педагогічних працівників та обираються з числа завідувачів (начальників) кафедр, професорів, докторів наук, докторів філософії − по 1 представнику від кожного факультету (навчально-наукового інституту, інституту, обсерваторії) та Науково-дослідної частини (далі – НДЧ);
- виборні представники, які представляють інших працівників Університету, і працюють у ньому на постійній основі – 2 особи від усіх підрозділів;
- виборні представники аспірантів, докторантів, слухачів, асистентів-стажистів − 2 особи від усіх факультетів, навчально-наукових інститутів обираються Конференцією трудового колективу Університету за рекомендаціями конференцій (зборів) трудових колективів факультетів, навчально-наукових інститутів Університету;
- студенти, члени виборних органів первинної профспілкової організації – 3 особи, які обираються профспілковим органом Первинної профспілкової організації Університету;
- студенти, члени органів студентського самоврядування Університету − 5 осіб, які обираються студентами (курсантами).
Представники з числа працівників Університету обираються Конференцією трудового колективу Університету за поданням структурних підрозділів, у яких вони працюють.
За рішенням Вченої ради до її складу можуть входити керівники робочих та дорадчих органів, створених в Університеті, представники організацій роботодавців.
Вчена рада Університету:
- визначає стратегію і перспективні напрями розвитку освітньої, наукової та інноваційної діяльності Університету;
- розробляє та подає Конференції трудового колективу Університету проєкт Статуту Університету, а також рішення про внесення змін і доповнень до нього;
- визначає систему та затверджує процедури внутрішнього забезпечення якості вищої освіти;
- затверджує освітні програми та навчальні плани для кожного рівня вищої освіти та спеціальності;
- ухвалює рішення з питань організації освітнього процесу, визначає строки навчання на відповідних рівнях;
- ухвалює фінансовий план і річний фінансовий звіт Університету;
- ухвалює рішення про розміщення власних надходжень у територіальних органах центрального органу виконавчої влади у сфері казначейського обслуговування бюджетних коштів або в банківських установах;
- ухвалює, за поданням ректора, рішення про утворення, реорганізацію та ліквідацію структурних підрозділів Університету (крім Військового інституту та Інституту управління державної охорони);
- обирає за конкурсом таємним голосуванням на посади завідувачів кафедр, професорів, директора бібліотеки;
- затверджує зразок та порядок виготовлення документів про освіту, які видаються Університетом, у тому числі спільних і подвійних дипломів;
- ухвалює основні напрями проведення наукових досліджень та інноваційної діяльності;
- оцінює науково-педагогічну діяльність структурних підрозділів;
- присвоює вчені звання професора, доцента та старшого дослідника і подає відповідні рішення на затвердження до атестаційної колегії Міністерства освіти і науки України;
- приймає рішення про утворення разової спеціалізованої вченої ради для прийняття до розгляду та проведення разового захисту дисертації здобувача з метою присудження йому ступеня доктора філософії;
- атверджує Правила прийому до Університету, які відповідають вимогам законодавства;
- приймає остаточні рішення про визнання іноземних документів: для зарахування вступників на навчання, про вищу освіту, наукові ступені та вчені звання під час прийняття на роботу педагогічних, наукових, науково-педагогічних та інших працівників;
- за поданням ректора розглядає питання відповідності проректора, декана, директора навчально-наукового інституту, директора наукової бібліотеки, завідувача кафедри займаній посаді до закінчення терміну їх повноважень;
- має право вносити подання про відкликання ректора, з підстав передбачених законодавством, статутом Університету, контрактом, яке розглядається Конференцією трудового колективу Університету;
- затверджує положення про факультети, навчально-наукові інститути, інститути, робочі та дорадчі органи Університету;
- визначає повноваження вчених рад факультетів (навчально-наукових інститутів) відповідно до напрямків їх освітньої діяльності;
- затверджує положення про екзаменаційні комісії Університету;
- розглядає інші питання діяльності Університету відповідно до законодавства та положення про Вчену раду.
Рішення Вченої ради Університету вводяться в дію наказом ректора.